• В июле 1997 года Постановлением № 337 от 10.07.1997 г. Главы Администрации Амурской области было образовано государственное унитарное предприятие "Аэропорт Благовещенск".

• В июле 1998 года в аэропорту Благовещенск впервые приземлился самолет ИЛ-62. Руководством и специалистами ГУП "Аэропорт Благовещенск" был проведен большой комплекс работ по подготовке предприятия к приему данного типа самолета.

• Во 2-ом квартале 2002 г. открыт новый рейс Хабаровского предприятия "Дальавиа" из Благовещенска в Южно-Сахалинск, с промежуточной посадкой в Хабаровске.

• В 4-ом квартале 2002 года удалось привлечь на авиационный рынок Амурской области авиакомпанию "Домодедовские авиалинии", которая предложила беспосадочный перелет из Благовещенска в Москву на самолете типа Ил-62.

• В 2002 году, после длительного перерыва, были возобновлены международные пассажирские авиаперевозки. Тесное сотрудничество аэропорта с А/К НАК "Саха-Авиа" и туристическими фирмами Благовещенска позволили наладить авиасообщение с г.Харбин, впервые амурчане получили возможность улететь из родного города встретить Новый год и отдохнуть в Таиланде и на юге Китая.

• Тестовый полет по маршруту "Полярный-4" через район ОВБ Благовещенского РЦЕС ОрВД был выполнен 26 марта 2002 года, полет выполнила авиакомпания "United Airlines" на воздушном судне Б-747 по маршруту Чикаго-Гонконг.

• В 2003 году предприятие обслужило более 119 тысяч пассажиров. По темпам роста отправок пассажиров, груза и почты аэропорт Благовещенск в 2003 году стал лучшим среди авиапредприятий Дальневосточного окружного межрегионального территориального управления Воздушного транспорта Министерства транспорта Российской Федерации.

• В январе 2004 года предприятие было переименовано в Государственное унитарное предприятие Амурской области "Аэропорт Благовещенск". За семь лет своего существования предприятие достигло значительных производственных результатов. Услугами аэропорта за этот период воспользовались 750 тыс. пассажиров. Предприятием обслужено 7 000 внутренних и международных авиарейсов, обработано свыше 8 тыс. тонн груза и почты.

• В мае 2004 года Мальтийская международная информационная компания "AQUARIUS EARTHMAKER", по результатам анализа деятельности предприятий стран СНГ за 2003 год, дала высокую оценку работы ГУП Амурской области "Аэропорт Благовещенск" и удостоила его награды "Хрустальный рыцарь" в номинации "Лидер отрасли".

• С сентября 2005 года в аэропорту Благовещенск введена автоматическая система регистрации пассажиров и багажа.

• В 2006 г. аэропорт получил допуск к приему и обслуживанию нового российского регионального самолета Ан-140, который в настоящее время эксплуатируется на маршруте Якутск-Благовещенск-Якутк. Выполнены работы по установке и введению в эксплуатацию системы автоматизированного паспортного контроля «Каскад».

• С 2007 года возобновились социально-значимые авиаперевозки между областным центром и городами области Зея, Тында. Первый рейс на самолете Як-40 маршруту Благовещенск-Зея-Тында был выполнен 18 сентября 2007 года. Аэропорт Благовещенск получил допуск к приему современных самолетов иностранного производства: -Боинг-737, -757-200;-Аэробус А-319-100, А-320-200, А-321-200.

• В течение 2008 года в аэропорту успешно введена в эксплуатацию современная спецавтотехника: два пассажирских электротрапа СПТ-114 и спецмашина для обработки туалетных отсеков воздушного судна АС-1600. В июле 2008 года в аэропорту установлена автоматизированная система регистрации пассажиров и оформления багажа «Регина», позволяющая регистрировать пассажиров, имеющих электронные авиабилеты на рейсы российских авиакомпаний.

• В 2009 году Правительством Амурской области разработана и утверждена долгосрочная целевая программа «Развитие авиации и аэропортов Амурской области на период до 2020 года».

• В 2010 году завершены работы по 1-й очереди объекта «Строительство в аэропорту г. Благовещенска аэровокзального комплекса внутренних авиалиний на 300 пасс. С 29 декабря 2010 года обслуживание пассажиров производится в новом аэровокзальном комплексе, который соответствует всем современным стандартам обслуживания и нормам авиационной безопасности. Пропускная способность аэровокзального комплекса увеличилась более чем в 3,0 раза.

• В 2010 г. создан собственный топливозаправочный комплекс. Успешно проведена сертификация службы ГСМ, по итогам которой ФАВТ России выданы сертификаты на осуществление контроля качества авиаГСМ и авиатопливообеспечение воздушных перевозок в аэропорту Благовещенск.

• В 2010 году аэропорт начал принимать и обслуживать современные воздушные суда Boeing-767.

• После многолетнего перерыва возобновлено регулярное авиасообщение по маршруту Владивосток – Благовещенск – Владивосток. Полеты выполняются в летний сезон авиакомпанией ОАО «ВладивостокАвиа» на самолете Ту-204.